Cystoscopie onder narcose kan interstitiële cystitis diagnosticeren. Aanvankelijk zijn het uiterlijk en de capaciteit van de blaas normaal, maar na het vullen, legen en opnieuw vullen van de blaas worden vaak verspreide submucosale bloedingen waargenomen. Biopsie onthult pathologische veranderingen in de subepidermale laag, waaronder oedeem, congestie, telangiectasia en perivasculaire interstitiële bloeding. Het kan ook helpen sommige carcinomen in situ en tuberculeuze laesies uit te sluiten. Bij gelokaliseerde vulvitis zijn kleine erythemateuze laesies aanwezig op de laterale vestibule van het maagdenvlies, terwijl de rest van de laesies normaal is.
Acute cystitis presenteert zich ook met symptomen van blaasirritatie, zoals frequentie van plassen, urgentie en dysurie. Terminale hematurie komt echter vaak voor en de urine bevat een groot aantal witte bloedcellen; urinecultuur zal bacteriën onthullen. Glandulaire cystitis presenteert zich ook met symptomen van blaasirritatie, zoals frequentie van urineren, urgentie en dysurie. Echoscopisch onderzoek kan echter verdikking van de blaaswand of ruimte-innemende laesies in de blaas aan het licht brengen. Cystoscopie onthult papillaire structuren in plaats van oppervlakkige zweren, en biopsie kan de diagnose bevestigen. Blaastuberculose kan zich ook voordoen als echte zweren, die vaak het gebied rond de ureteropening aan de zijkant van de tuberculeuze nier aantasten. Pyurie kan optreden en tuberkelbacillen kunnen in de urine worden aangetroffen. Beeldvorming van de urinewegen kan typische veranderingen vertonen die kenmerkend zijn voor niertuberculose. Blaaszweren veroorzaakt door parasitaire ziekten lijken op interstitiële cystitis en komen over het algemeen vaker voor bij mannen. De diagnose kan worden gesteld op basis van de aanwezigheid van parasieteieren in de urine of typische pathologische kenmerken van de blaas. Niet-specifieke cystitis komt zelden voor bij blaaszweren; puscellen en infectieuze bacteriën worden vaak in de urine aangetroffen en behandeling met antibiotica is effectief.
